Чудотворный образ Богородицы Боголюбской относится к числу немногих, сохранившихся до наших дней еще со времен до монгольского нашествия. В 1157 году святой благоверный великий князь Суздальский Андрей Юрьевич Долгорукий, нареченный за благочестие Боголюбским, решил утвердить великокняжеский престол на суздальских землях. В пути со святым князем была чудотворная икона Владимирской Божией Матери.
18 июня (по старому стилю, 1 июля – по новому) примерно в десяти верстах от Владимира повозка с иконой внезапно остановилась без видимых причин, и лошади не могли сдвинуть ее с места. Во время усердной молитвы князю явилась Сама Царица Небесная и повелела чудотворную икону поставить во Владимире, а на сем месте устроить церковь и основать монастырь в честь Ее Рождества.
Вдохновленный явлением Богоматери, святой князь Андрей повелел написать на кипарисовой доске икону Пресвятой Богородицы, как Она явилась ему – стоящею с поднятыми в молитве руками и ликом, обращенным к Господу Иисусу Христу. Этот образ впоследствии и стал именоваться Боголюбским.
Множество чудесных исцелений подавал Господь, по заступничеству Своей Пречистой Матери, молившимся у сего образа. В 1771 году в городе Владимире началась эпидемия чумы. Когда казалось, что ждать помощи более не от кого, Божия Матерь явилась благочестивым людям и повелела, чтобы Ее икона из Боголюбова была принесена во Владимир. В самом монастыре и рядом с ним чумы не было. Образ доставили во Владимир - болезнь прекратилась и там. В честь чудесного избавления от страшного недуга был установлен обычай ежегодно переносить чудотворную икону из Боголюбова во Владимир. Неоднократно от эпидемий чумы и холеры русские города спасали молитвы не только перед самим первообразом, но и перед списками Боголюбской иконы.
В середине XIX века основатель Пещерного отделения Гефсиманского скита, блаженный Филипп, принявший монашеский постриг с именем Филарет, по благословению преподобного Антония, наместника Свято-Троицкой Сергиевой Лавры, поселился в небольшой бревенчатой келье, расположенной у северо-западного залива Скитских прудов. Так было положено начало еще одной обители, изначально называвшейся «Боголюбивой пустынью», а позже ставшей Киновией, особым типом общежительного монастыря.
В честь Боголюбского образа Божией Матери освящен верхний храм Киновии. До революции нескончаемый поток пеших паломников шел в эту обитель, расположенную на пути от Лавры к Скиту. Здесь же располагалось большое кладбище, на котором погребены многие из числа братии Лавры и некоторые из богомольцев. Сам основатель Киновии, принявший схиму с именем Филипп, блаженно почил в 1869 году и был погребен в нижнем храме.