1 сентября (14 по новому стилю) 1869 года, в день церковного новолетия, в Пещерном отделении Гефсиманского скита Свято-Троицкой Сергиевой Лавры, просияла чудотворением икона Божией Матери Черниговская Гефсиманская.
В тот день парализованная крестьянка Фекла Адрианова получила исцеление по молитве пред образом сим. Великое множество чудес, случавшихся после сердечной молитвы пред иконой этой, проистекало до закрытия обители. По возрождении же монашеской жизни в 1990 году заступничество и споспешествование Божией Матери явно видно всем нам благодаря исцелениям, совершившимся по молитве у списков с чудотворного образа.
Первообраз иконы был обретен в 1069 году основателем русского иночества, преподобным Антонием Печерским, в ветвях ели. Из летописи Нестора мы знаем, что святой, пребывая на Болдиной горе, выкопал себе пещеру и продолжил свой иноческий подвиг там, а явленная ему Черниговская икона стала знаком милости Пречистой к новой обители.
Черниговский Гефсиманский образ по размерам превосходит первообраз и написан на полотне. Он стал вкладом в Пещерное отделение Гефсиманского скита от девицы Александры Филипповой. В Пещерах, в храме во имя Архистратига Божия Михаила и всех Небесных Сил Бесплотных, икона появилась в 1852 году. Со дня ее прославления не иссякает поток верующих, ищущих избавления от телесных недугов, душевных скорбей и посему стремящихся поклониться образу Пресвятой Богородицы, два списка с которого и поныне пребывают в нашем храме.
Украшения на иконе, величественный собор, воздвигнутый над пещерами и совсем недавно отреставрированные по усердию верующих, облагодетельствованных чудесной помощью Богоматери, – явные свидетельства неисчислимых чудес, совершившихся здесь от Ее дивной иконы. Сейчас, как и многие годы назад, многие богомольцы, совершающие паломничество в Свято-Троицкую Сергиеву Лавру, приезжают и в Гефсиманский Черниговский скит, чтобы поклониться находящейся там чудотворной Черниговской иконе Божией Матери, мощам преподобного Варнавы и многим иным святыням, пребывающим в обители.
13 сентября 2023 года в скиту всенощное бдение с чтением акафиста возглавил наместник Свято-Троицкой Сергиевой Лавры епископ Сергиево-Посадский и Дмитровский Кирилл. 14 сентября по заамвонной молитве состоялся крестный ход. По завершении службы паломникам была предложена трапеза.