1 сентября (14 сентября по новому стилю) 1869 года прославлена икона Божией Матери Черниговская-Гефсиманская.
В честь этого чудотворного образа впоследствии назвали Пещерное отделение при Гефсиманском скиту. Первое достоверно известное нам чудо произошло по молитвам у иконы Божией Матери Черниговской-Гефсиманской в пещерном храме Архистратига Божия Михаила, ископанным некогда блаженным схимонахом Филиппом с братией.
Черниговская-Гефсиманская икона написана на полотне в XVIII столетии и являет собой список с Ильинской Черниговской иконы, которая находилась в Троицком Ильинском монастыре близ Чернигова, где в ХI веке подвизался преподобный Антоний Печерский, один из основателей Киево-Печерской Лавры. Многочисленные чудеса, происходившие после молитв перед этим образом, записаны святителем Димитрием Ростовским в книге «Руно Орошенное». Завершается она словами: «Конец книги, но не чудес Пресвятой Богородицы, ибо кто может их исчислить». Чудотворным стал и список с этой иконы.
Черниговская икона Божией Матери была передана в Гефсиманский скит дворянкой Александрой Григорьевной Филипповой в 1852 году по благословению преподобного Антония, наместника Свято-Троицкой Сергиевой Лавры.
Первое чудо, которым Господу благоугодно было ознаменовать святую икону, совершилось в день церковного новолетия (1 сентября). Тогда исцеление получила крестьянка из Тульской губернии Фекла Адрианова, восемь лет до этого страдавшая от полного расслабления рук и ног. Врачи не могли помочь ей, и больную, по ее просьбе, начали возить по святым местам. Это принесло небольшое облегчение страданий, но только по прибытии в Гефсиманский скит совершилось чудо полного исцеления. Когда ее, недвижимую, внесли в пещерный храм Архистратига Божия Михаила, Фекла, по ее признанию, ощутила некий страх, соединенный с радостью. Помогавшие ей поднесли больную к иконе Божией Матери, и тут Фекла громко сказала: «Отпустите меня». Поддерживавшие ее с удивлением увидели, как Фекла самостоятельно встала на ноги и тут же пала ниц перед иконой. После горячей молитвы крестьянка снова поднялась на ноги и уже самостоятельно, пусть и поддерживаемая спутницами, смогла подойти приложиться к иным святыням в церкви.
Известия о чудесном исцелении по молитвам у иконы Божией Матери распространялись с необычайной быстротой. Многие страждущие, жаждущие телесного и духовного исцеления, люди самых разных сословий, с твердой верой шли к чудотворной иконе – и милость Божия не оставляла их. К началу ХХ века было засвидетельствовано более 100 чудес, произошедших по заступничеству Матери Божией после горячих молитв перед Ее образом Черниговским-Гефсиманским.
В 2025 году праздничное всенощное бдение с чтением Акафиста возглавил наместник Свято-Троицкой Сергиевой Лавры епископ Сергиево-Посадский и Дмитровский Кирилл. Божественную Литургию совершил Митрополит Таллинский и всея Эстонии Евгений. После заамвонной молитвы духовенство, прихожане и многочисленные паломники прошли крестным ходом вокруг собора в честь иконы Божией Матери Черниговской-Гефсиманской. По завершении богослужения паломники смогли подкрепить силы на праздничной трапезе.