Некрополь Скита существует предположительно с 1859 года и располагается с северной стороны собора в честь иконы Божией Матери Черниговской Гефсиманской. Согласно архивным документам из фонда РГАДА удалось восстановить поименные списки на 113 захоронений кладбища Пещерного отделения. В годы лихолетья большинство могил сравняли с землей, а надгробия уничтожили. Из всего числа захороненных, согласно дневниковым записям писателя Пришвина, удалось восстановить место погребения философа В.В. Розанова и монаха Климента (К.Н. Леонтьева).
Летом 2024 года тщанием и заботой раба Божия Валерия, который профинансировал проект, произведено озеленение и благоустройство некрополя: выложены тротуарные дорожки, обустроены новые зоны зеленых насаждений. Проект благоустройства разработан ландшафтным бюро «Стиль природы».
Специалистами ландшафтного бюро, под руководством Надежды Витальевны Астаниной, проведен большой объем работ по разработке проекта, планировке участка, выравниваю грунта, пересадке растений и кронированию возрастных лип, мощению дорожек и высадке растений. Для озеленения подобрали различные хвойные и лиственные деревья и кустарники. Были высажены туи «Смарагд», береза «Юнги», бересклет европейский, дерен «Элегантиссима», кизильник блестящий, смородина альпийская, рябина гранатная. В качестве многолетних цветов использовали горянку, бадан и волжанку.
Благодарим раба Божия Валерия, Надежду Витальевну и специалистов ландшафтного бюро «Стиль природы» за организацию работ и желаем помощи Божией в дальнейших трудах.